Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin didirikan pada Tanggal 1 Juni 1972 oleh KH. Sulaiman Faqih (alm) beliau wafat pada tahun 1988 sehingga Kepemimpinan Pesantren dilanjutkan oleh putranya KH. Amir Hamzah sampai sekarang. Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin pada mulanya adalah Pesantren salaf murni, tetapi seiring dengan perkembangan zaman Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin berangsur-angsur mengalami perkembangan yang disesuiakan dengan tuntutan zaman, sehingga Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin tidak lagi sebagai Pesantren Salaf Murni, melainkan sudah dikategorikan Pesantren Kombinasi, karena system pendidikan di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin Memegang system salaf yang dikombinasikan dengan system madrasah masa kini.
Kepengurusan Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin mulai dibentuk dan dibenahi sekitar tahun 2000, dengan segala pengorbanan akhirnya terbentuklah Pengurus Pusat Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin yang diprakarsai oleh Ust. Ali Muhsin, Ust Ishak, Ust. Umbaryanto, dan seluruh santri senior pada waktu itu, tercatat pada tahun 2000 terpilih Ust. Ali Muhsin sebagai Kepala Pondok atau Lurah Pondok pertama  di Pesantren Ihya ‘Ulumiddin dengan didampingi Ust. Umbaryanto sebagai kepala madrasah.
Pengurus Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin berfungsi sebagai pembantu Dewan Kiyai dalam mengelola,  menyusun, melaksanakan dan mengajukan pertanggung jawaban  program-program pesantren selama periode kepengurusan sesuai dengan AD/ART Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
Adapun Peran dan fungsi serta perangkat Pengurus dalam AD/ART  Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin adalah :
Peran
  1. Pemberi pertimbangan ( advisory agency ) dalam penentuan dan pelaksanaan kebijakan di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
  2. Pendukung (supporting agency) baik yang berwujud financial, pemikiran, maupun tenaga dalam penyelenggaraan pendidikan di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
  3. Pengontrol (Controlling agency) dalam rangka transparansi dan akuntabilitas penyelenggaraan dalam hal penyelenggaraan pendidikan di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
  4. Mediator (mediator agency) antara pemerintah (eksekutif), masyarakat, lembaga-lembaga, yayasan al Ihya, dan Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
Fungsi
  1. Mendorong tumbuhnya perhatian, dukungan, peran serta, dan komitmen masyarakat, khususnya para wali santri terhadap penyelenggaraan pendidikan yang bermutu dan efektif di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
  2. Melakukan kerjasama dengan masyarakat (perorangan/organisasi/dunia usaha/dunia industri dan pemerintah) berkenaan dengan penyelenggaraan pendidikan yang bermutu, khususnya di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
  3. Menampung, menganalisis, dan menyalurkan aspirasi, ide, tuntutan, dan berbagai kebutuhan pendidikan yang diajukan oleh masyarakat kepada ketua Yayasan al Ihya.
  4. Memberikan masukan, pertimbangan, dan rekomendasi kepada Pimpinan Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin mengenai ;
    1. Kebijakan dan program pendidikan
    2. Rencana Anggaran Pendapatan dan Belanja Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin
    3. Kriteria kinerja pendidikan Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin
    4. Kriteria pembiayaan pendidikan Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
    5. Mendorong Orang tua/wali santri dan masyarakat untuk berpartisipasi dalam penyelenggaraan pendidikan guna mendukung peningkatan mutu dan efektifitas pendidikan di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
    6. Menggalang dana dari orang tua/wali santri, masyarakat sekitar, dan lembaga-lembaga lainnya dalam rangka pembiayaan pendidikan di Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
    7. Melakukan evaluasi dan pengawasan terhadap kebijakan program penyelenggaraan dan keluaran pendidikan Pondok Pesantren Ihya ‘Ulumiddin.
Perangkat Pengurus
1. Pengurus Pusat
2. Pengurus Komplek Putra (PENAPUTIH 2011-2012)
3. Pengurus Komplek Putri